El Alem televizyonun haberine göre gizli bir İslami örgütü olduğu için örgütsel yapısı konusunda herhangi bir açıklama yapmasa da piramit tarzı bir yapılanmaya sahip olan örgütte piramidin tepesinde Ebu Bekir Bağdadi bulunuyor.
Hilafet Devleti ilanının ardından kendini halife olarak belirleyen ve Ebu Bekir el-Bağdadi adıyla tanınan İbrahim Avvad İbrahim el-Bedri es-Samerrai, örgütte tüm kararları alan ve tüm atama ve azillere karar veren kişi olarak biliniyor.
Örgütün emir ve komutan olarak adlandırdığı makamlara atamalar ve Askeri Şura emirleri onun tarafından gerçekleştiriliyor, Bağdadi’nin görüşüne uymayan hiçbir karar alınamıyor.
Örgütün en önemli birimlerinden olan Askeri Şura’nın başkanlığını Ebu Ahmed el-Ulvani yapıyor, üç üyenin de yer aldığı bu kurulun komutanların yönetimi, operasyonların planlanması ve izlenmesiyle görevli olduğu belirtiliyor.
Askeri Şura’nın başkanı, Şura Meclisi ile istişareden sonra Bağdadi Tarafından tayin ediliyor.
Ebu Erkan el-Amiri başkanlığındaki Şura Meclisi’nde örgütün önde gelen isimlerinden oluşan 9 veya 11 kişinin bulunduğu bildiriliyor. Bu üyeler de yine Bağdadi tarafından tayin ediliyor.
Vilayetlere atanacak valileri ve Askeri Şura üyelerini belirlemek ve bunları Bağdadi’nin onayına sunmak Şura Meclisi’nin görevleri arasında bulunuyor. Teorik olarak örgütün liderini görevden alma yetkisine sahip olduğu söylense de pratikte bu yetkinin hiçbir değeri bulunmuyor.
Örgütün yargı işleri ise Ebu Muhammed el-Ani başkanlığındaki Şer’i Kurullar tarafından icra ediliyor.
Şer’i Kurulların; yargılama, sorunların çözümü ve iyiliğin emredilip kötülükten sakındırılması; irşat, örgüte üye olmaya davet ve cihat emri vermek gibi görevleri bulunuyor.
Örgütün güvenlik ve istihbarat biriminin ise Bağdadi’nin kalabileceği yerleri belirlemek, buraların güvenliğini sağlamak ve yapacağı görüşmeleri koordine etmekle görevli olduğu belirtiliyor.
Örgütün güvenlik ve istihbarat şurasının başında Saddam rejimindeki Irak istihbarat subaylarından Ebu Ali el-Enbari bulunuyor. Şurada Enbari’den başka yine Sadam dönemin istihbaratçılarından oluşan iki üye yer alıyor.
Örgütte basın ve sosyal medya sorumlusu olarak Ebu Esir el-Amr el-Absi, örgütün sözcüsü olarak da Ebu Muhammed el-Adnani’nin ismi biliniyo
